【Ａグループ】
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5チーム 全20試合（各チーム8試合）
コンサドーレ札幌／ベガルタ仙台／大宮アルディージャ／柏レイソル／東京ヴェルディ |
【Ｂグループ】
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4チーム 全12試合（各チーム6試合）
モンテディオ山形／ザスパ草津／浦和レッズ／アルビレックス新潟 |
【Ｃグループ】
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5チーム 全18試合（各チーム8試合）*
鹿島アントラーズ／ジェフユナイテッド千葉／ＦＣ東京／川崎フロンターレ／湘南ベルマーレ
*：AFCチャンピオンズリーグ2009に出場する鹿島アントラーズと川崎フロンターレの対戦は実施しない。 |
【Ｄグループ】
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4チーム 全12試合（各チーム6試合）
横浜 Ｆ・マリノス／ヴァンフォーレ甲府／清水エスパルス／ジュビロ磐田 |
【Ｅグループ】
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5チーム 全18試合（各チーム8試合）*
名古屋グランパス／京都サンガF.C.／ガンバ大阪／ヴィッセル神戸／徳島ヴォルティス
*：AFCチャンピオンズリーグ2009に出場する名古屋グランパスとガンバ大阪の対戦は実施しない。 |
【Ｆグループ】
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4チーム 全12試合（各チーム6試合）
セレッソ大阪／ファジアーノ岡山／サンフレッチェ広島／大分トリニータ |
